تولي الحكم بعد وفاة أبيه أمنحتب الثالث وعمره لا يزيد عن 16 عاما ً ، وتزوج من نفرتيتي ولم يكن مهتما ً بأمور السياسة والحرب ولكنه أنشغل بأمور الدين والعبادة . وكانت مدينة طيبة عاصمة الدولة الحديثة ، وكان الإله آمون الإله الرسمي للدولة في عهد الأسرة الثامنة عشرة ، ولكن أمنحتب الرابع لم ترق في نظره فكرة تعدد الآلهة التي كانت سائدة في مصر القديمة ، ورأي أن جميع الآلهة ليست إلا صورة متعددة لإله واحد أسماه آتون ، ورمز له بقرص الشمس الذي يرسل آشعته علي أهل الأرض فيحمل إليهم النور والحياة .
ولقد أسمي نفسه إخناتون أي المخلص لآتون ، وبني مدينة جديدة أسمها " أخيتاتون " وموقعا تل العمارنة بمحافظة المنيا ، وأتخذها عاصمة بدلا من طيبة . ونتيجة لذلك ثار ضده كهنة الإله آمون والآلهة الأخري في مصر القديمة بعد أن عمل علي إبطال عبادة تلك الآلهة . ورغم ذلك يحتل أسم أخناتون مكانا ً بارزا ً بين المفكرين لأن ما نادي به كان يمثل ثورة دينية في مجتمع ترسخت فيه عقيدة تعدد الآلهة كالمجتمع المصري .